Prace nad pierwszymi obszarami Natura 2000 w województwie świętokrzyskim przeprowadzone były w latach 2001-02. W pierwszej kolejności jako ostoje zostały zatwierdzone: Dolina Nidy (OSO), Dolina Krasnej, Łysogóry, Ostoja Nidziańska, Ostoja Przedborska (SOO). W kolejnych latach dołączyły do nich:
Lasy Suchedniowskie i Przełom Wisły w Małopolsce (SOO) oraz Małopolski Przełom Wisły (OSO).
Te dwa ostatnie obszary nie leżą faktycznie na terenie województwa świętokrzyskiego, ale zawierają się w dolinie Wisły płynącej wzdłuż wschodniej granicy naszego województwa, więc dlatego zostały ujęte w opracowaniu, ale nie ujęte w obliczeniach dotyczących procent zajmowanej powierzchni.
Obecnie w województwie świętokrzyskim istnieje więc 6 obszarów Natura 2000:
- Specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO) – 5 obszarów o łącznej powierzchni: 64755,04 ha
stanowiącej 4,5 % powierzchni województwa
- Obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) - 1 obszar powierzchni: 19956,08 ha
stanowiącej 1,4 % powierzchni województwa
Razem zajmują one powierzchnię: 84711,12 ha, jednak biorąc pod uwagę pokrywanie się w dużym stopniu granic ostoi: Dolina Nidy i Ostoja Nidziańska, można przyjąć, że powierzchnia objęta ochroną w programie Natura 2000 wynosi ok. 65 tys. ha, co stanowi ok. 4,5 % powierzchni województwa.
Powołane w 2008 roku Wojewódzkie Zespoły Specjalistyczne, w skład których weszli przedstawiciele Towarzystwa Badań i Ochrony Przyrody, Uniwersytetu Humanistyczno-Przyrodniczego Jana Kochanowskiego w Kielcach, Uniwersytetu Łódzkiego, Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego, Świętokrzyskiego Parku Narodowego oraz nie zrzeszeni specjaliści pracowały nad ostojami wytypowanymi na Krajowym Seminarium Biogeograficznym. Dodatkowo członkowie świętokrzyskiego WZSu zaproponowali, aby do sieci Natura 2000 włączyć kilka nowych obszarów nie znajdujących na liście powstałej na Seminarium Biogeograficznym. Razem były to 33 nowe obszary siedliskowe (Dolina Białej Nidy, Dolina Bobrzy, Dolina Czarnej, Dolina Czarnej Nidy, Dolina Górnej Mierzawy, Dolina Górnej Pilicy, Dolina Kamiennej, Dolina Mierzawy, Dolina Warkocza, Dolina Wschodniej, Góry Pieprzowe, Kras Staszowski, Krzemionki Opatowskie, Lasy Cisowsko-Orłowińskie, Lasy Skarżyskie, Ostoja Barcza, Ostoja Brzeźnicka, Ostoja Gaj, Ostoja Gołuchowska, Ostoja Jeleniowska, Ostoja Kozubowska, Ostoja Pomorzany, Ostoja Sieradowicka, Ostoja Sobkowsko-Korytnicka, Ostoja Stawiany, Ostoja Szaniecko-Solecka, Ostoja Wierzejska, Ostoja Żyznów, Przełom Lubrzanki, Uroczyska Lasów Starachowickich, Uroczysko Pięty, Wzgórza Chęcińsko-Kieleckie, Wzgórza Kunowskie) oraz dwa już zatwierdzone obszary (Dolina Krasnej i Łysogóry), dla których powiększany był obszar objęty ochroną.
Wśród zgłaszanych obszarów były zarówno ostoje które zostały zaproponowane w 2008 roku jak i takie, które od lat widniały na Shadow List – np. Lasy Cisowsko-Orłowińskie czy Wzgórza Chęcińsko-Kielckie. Po zakończeniu prac WZSu obszary proponowane do włączenia do sieci Natura 2000 zostały ocenione przez Instytut Ochrony Przyrody w Krakowie; dwa z nich (Dolina Wschodniej i Ostoja Gołuchowska) mimo spełnienia kryteriów i znacznych walorów przyrodniczych nie zyskały akceptacji Instytutu Ochrony Przyrody PAN, a w stosunku do pozostałych została zgłoszona konieczność korekty granic. Niezależnie od prac WZSu została przygotowana przez Towarzystwo Badań i Ochrony Przyrody dokumentacja dla nowej ostoi ptasiej (OSO) – Niecka Włoszczowska.
Obecnie trwają konsultacje społeczne na temat granic obszarów Natura 2000 zaproponowanych do utworzenia. Prawdopodobnie granice niektórych obszarów zostaną skorygowane, lecz mimo to Sieć Natura 2000 w województwie świętokrzyskim ulegnie znacznemu powiększeniu, co pozwoli ochronić jakże cenne siedliska i stanowiska rzadkich gatunków roślin oraz zwierząt znajdujące się w naszym regionie.
Towarzystwo Badań i Ochrony Przyrody od początku istnienia w Polsce programu Natura 2000 aktywnie działa na rzecz tworzenia nowych obszarów chronionych prawem europejskim. TBOP brało udział w opracowywaniu dokumentacji pod pierwsze zatwierdzone tego typu obszary w województwie świętokrzyskim, obszary zatwierdzone w dalszej kolejności, które znalazły się na na Shadow List 2004 i 2006 oraz obszary wytypowane na Krajowym Seminarium Biogeograficznym w 2008 roku.